Animasi stop motion memiliki beberapa kekurangan yang perlu diperhatikan. Pertama, dalam proses pembuatan animasi stop motion membutuhkan waktu yang cukup lama. Karena setiap frame gambar harus diambil secara manual, dibutuhkan kesabaran dan ketelitian yang tinggi. Hal ini membuat proses produksi menjadi lambat, terutama jika durasi animasi yang diinginkan adalah yang panjang.
Kedua, animasi stop motion juga rentan terhadap guncangan atau gerakan yang tidak terduga. Animasi ini sangat bergantung pada kestabilan posisi objek atau karakter yang digunakan dalam pembuatan frame per frame. Jika terjadi pergeseran secara tidak sengaja pada objek, maka animasi tersebut akan menjadi terganggu dan membutuhkan waktu ekstra untuk memperbaikinya.
Selain itu, peralatan yang diperlukan untuk membuat animasi stop motion juga bisa menjadi kekurangan. Diperlukan kamera yang berkualitas tinggi, tripod yang stabil, serta peralatan pencahayaan yang memadai untuk menghasilkan animasi yang baik. Biaya untuk peralatan ini bisa menjadi mahal dan menghambat aksesibilitas untuk orang-orang yang ingin mencoba membuat animasi stop motion.
Terakhir, meski animasi stop motion memiliki daya tarik dan keunikan tersendiri, tidak semua jenis cerita atau konsep dapat diekspresikan dengan baik menggunakan teknik ini. Terkadang, animasi stop motion tidak memberikan fleksibilitas yang sama dengan teknik animasi lainnya, seperti animasi komputerisasi. Hal ini dapat membatasi kreativitas dan potensi artistik dalam menghasilkan animasi yang menggugah emosi penonton.
Dalam mengatasi kekurangan ini, perlu adanya kesabaran, ketekunan, dan dedikasi yang tinggi dalam mempelajari dan mengembangkan proses pembuatan animasi stop motion. Teknologi juga terus berkembang, sehingga ada kemungkinan di masa depan akan ada perangkat atau perangkat lunak yang dapat mempermudah proses produksi animasi stop motion.